Родился 16 марта 1872 года в селе Нармочи Меленковского уезда Владимирской губернии в семье священника Предтеченской церкви Стефана Никаноровича и его супруги Любови Андреевны Рождественских. Первоначальное образование он получил во Владимирском духовном училище. В 1892 году Иоанн окончил Владимирскую Духовную семинарию и был назначен преподавателем Закона Божия и учителем в Славцевскую церковноприходскую школу в Меленковском уезде. В 1893-1894 годах он был законоучителем и учителем в Ивачевской земской школе в Гороховецком уезде, а с 1894 по 1897 год – в Неверо-Слободской земской школе того же уезда.
Избрав путь священника семейного, Иоанн женился на дочери священника Крестовоздвиженского храма села Палех Вязниковского уезда Владимирской губернии протоиерея Василия Малинина, Александре и 17 октября 1897 года был рукоположен во священника ко Крестовоздвиженской церкви. Хорошо понимая, насколько важным становится просвещение народа в наступившем смутном ХХ столетии, когда все подлинное просвещение почти целиком ограничивалось церковным, а средств и возможностей у Русской Православной Церкви становилось все меньше и меньше, он сразу же по рукоположении явил себя ревностным и деятельным пастырем на этом поприще. С 23 октября 1903 года он стал заведующим открытой в селе Палех его стараниями бесплатной народной библиотеки-читальни.
С 1905 по 1911 год отец Иоанн состоял кандидатом уполномоченного на окружной и епархиальный съезды; с 1908 года он был законоучителем младшего класса открытого его трудами и заботами Палехского двухклассного министерского училища и женского училища.
Детей у отца Иоанна с матушкой не было, и все силы и время он отдавал прихожанам и храму. По его инициативе была проведена основательная реставрация храма - практически заново выполнена стенная роспись всех приделов. Двадцать пять лет ревностно служил священник Иоанн Рождественский в Крестовоздвиженском храме в селе Палех, и прихожане за эти годы полюбили его, как отца.
В воскресенье 19 марта отец Иоанн огласил с амвона послание Патриарха Тихона, касающееся изъятия церковных ценностей, – по прямой своей обязанности и долгу. Отслужив после литургии молебен, священник сказал: «Вы слышали послание Патриарха. Знаете о декрете центральной власти об изъятии церковных ценностей. Я призываю вас, своих прихожан, не препятствовать работе правительственной комиссии в случае ее прихода. Сам я, как священник, по канонам не могу отдать священные предметы. А присутствовать, когда их будут изымать другие, не хочу и не буду.»
По прошествии воскресенья в Шуйское ГПУ поступило донесение, что священник Иоанн Рождественский «в виде проповеди огласил воззвание Патриарха Тихона». 24 марта у отца Иоанна был произведен обыск и изъято послание Патриарха; на другой же день он был арестован и обвинен в чтении послания.
Следователи усиленно добивались от арестованного священника, чтобы тот сказал, откуда он получил послание; отец Иоанн отвечал, что получил по почте, но, откуда оно было или какой штемпель был на конверте и где сам конверт, – не помнит.Следствие шло три недели; 11 апреля 1922 года всем арестованным вручили обвинительные заключения.
Смертный приговор был приведен в исполнение 10 мая 1922 года в 2 часа утра. Рассказывают, что перед расстрелом священномученик Иоанн совершил отпевание по себе.
